公共機関の筆頭と言えば、語弊があるかもしれませんが、やはり、そう言わざるを得ないとも言えます。それは、行政になり、端的に言えば、政治で決められたことは、社会に向かって、行う機関です。国家機関も、行政の一つであり、もちろん、地方公共団体も、行政機関の一つです。市役所や区役所、あるいは、町役場や村役場などは、非常に身近な行政機関と言えるでしょう。
また、地方公共団体においては、広域連合などの特殊な行政機関を運営でき、各種委員会も、行政を担当するという点では、立派な公共機関と言えるでしょう。行政は、三権分立の一つとして、大元を辿れば、日本国憲法で認められています。三権の他のものは、立法と司法になりますが、常に監視と抑制を行うことで、お互いの行きすぎを止める働きもあります。しかし、行政は、実際の政策などを実施するため、それだけ公共性を意識しなければいけない機関とも言えるでしょう。なお、国家機関においては、業務を特殊法人などに委託している場合があります。そういう特殊法人なども、行政機関の一つと見られています。